Подземное русло реки и являет собой Лысанскую пещеру, ее устье расположено на высоте 682,8 метров. Это горизонтальная двухэтажная система, выработанная подземными потоками. Попасть внутрь можно лишь в зимнее время, когда количество воды в реке минимально, вход в грот пересыхает, а дно леденеет; летом проникновение возможно лишь на 30 метров.
Нижний этаж пещеры - во власти подземного ручья, зимой он разгружается сбоку от портала, а в теплое время года течет и через него. Это делает пещеру труднодоступной летом и весной - за входом образуется сифон, что предполагает погружение с аквалангом и преодоление сильного течения. Для попадания в галереи нижнего этажа акваланг пригодится тоже, поскольку препятствием на пути станет второй сифон. Бытует мнение, что пещера гидрологически связана с рекой Павловкой, в которую впадает ручей Лысан. В 40 метрах от входа начинается обводненная местность, и чтобы миновать этот участок пути понадобится специальное снаряжение — водозащитные костюмы, надувные лодки.
Подземный поток не раз менял направление течения за тысячи лет существования. Этот факт подтверждает обнаружение системы покинутых рекой каналов, обратившихся сухими пещерными галереями. В основной из них, параллельной сегодняшнему руслу, встречаются белоснежные натечные образования, застывшие небольшими озерами, обрамленными кальцитом. Верхний этаж, длина которого около 700 метров, почти сухой, здесь находится вытянутое висячее озеро и развиты натечные формы кремового цвета (сталактиты, сталагмиты, колонны, драпировки). Дно озера устлано сетью остроконечных кристаллов кальцита.
Пещера интересна любителям подводного спелеотуризма и зимнего лыжного туризма, сопряженного с посещением закарстованной площади с останцами, незамерзающего ручьем и пещеры Лысанской, портал которой оплетают ледяные сталактиты и сталагмиты. В пещере обнаружены кости голоценовых животных, а высокую научную ценность пещеры обуславливают уникальные натечные образования, палеонтологический и гляциологический материалы.
Пещеру обнаружили В.Ю Бобрин, Ж.Л. Цыкина и М.Н. Добровольский в 1965 году, а пройдена она была в 1973 г А.В. Холодом, В.Е. Михеевым и Ю.С. Кравчуком. В 1974 г. обнаружили второй этаж - галерею Максимовича. Топосъемку произвел В.Е. Михеев в 1975 г.
