Во второй половине 14-ого столетия Казимир Третий издал грамоту об основании университета. На основании этого документа создали 11 кафедр (свободных искусства, 2 медицинские и 8 по правоведению). Планировалась организация богословской кафедры, но на то время папа своего благословения не дал. Главой университета назначили государственного канцлера. Его обязанностями стала забота о деятельности организации вкупе с ее развитием. Канцлер развернул активную строительно-организационную кампанию, но со смертью монарха работы были заморожены. Если говорить о времени царствования Людовика Венгерского, то этот период в существовании Ягеллонского университета считается одним из самых проблемных.
Летом в начале 15-ого века университет возвращается к жизни. Этому способствовал новый монарх Польши и Великий князь Литовский Ягайло, он же Владислав Ягелло. На нужды университета щедро жертвовала средства Королева Ядвига. Событие это стало значимым и для ВКЛ, тогда не было ни Кёнигсбергского, ни Виленского университетов, а молодежь стремилась к знаниям.
Априори университет был назван Краковской академией, следующим наименованием стала Главная школа коронная, и только в 19-ом столетии закрепилось имя Ягеллонского университета.
На сегодняшний день в стенах университета можно пройти обучение на одном из 15-ти факультетов. Из этой альма-матер выпускаются: юристы, философы, физики, историки, филологи, биологи, химики, дипломаты, врачи и т.д. Осуществляется подготовка почти по полусотни направлений и более сотни специализаций. Количество студентов достигает 50 тысяч человек!
Также стоит отметить великолепную библиотеку Ягеллонского университета. Одна из самых богатых и древних в стране библиотек насчитывает свыше 6 миллионов единиц хранения, среди которых средневековые рукописи и Кодекс Балтазара Бегема, самиздат коммунистов.
При университете действует музей, включающий 7 коллекций: научные инструменты, западноевропейская живопись, фото и негативы военного времени, средневековая и барочная скульптура, графическая коллекция, предметы декоративного искусства, деревянные гравюры. Музей занял Зеленый зал, помещение бывшей библиотеки и некогда профессорскую трапезную, профессорские комнаты и комнаты Коперника, старые аудитории и комнаты святого Яна из Кенты.