Представляет собой информационный, образовательный и научно-методический центр для музеев края. Входит в Союз музеев РФ с 2002 года, представлен также в ИКОМ страны.
Открылся музей зимой 1889 года, основали его представители здешней интеллигенции Матвеевы. Изначально музей базировался в усадьбе Крутовских на улице Каратонова, а после перебрался на второй уровень гостиных рядов Старобазарной площади.
Современное здание музея являет собой образец модерна, стилизованного под храм Древнего Египта. Автором проекта выступил местный архитектор Чернышев, причем работал мастер абсолютно безвозмездно. Возведение началось в 1913 году, но началась первая мировая война, что приостановило работы. В недостроенном музее размещались казармы, в после - военный госпиталь. В 1920 году во время окуриваний помещений здание сгорело, ремонтном занялись спустя 7 лет, а достроили его в 1929 году. С 1930 года в здание помещают музейные фонды и экспозиции, которые сворачивают на время Великой Отечественной войны, а в здании размещают Управление Северного морского пути.
Уже в 1812 году музейный фонд превысил 10 000 экспонатов, в наши дни эта цифра выросла до 450 и более тысяч. Экспозиция иллюстрирует региональную историю, начиная с древнейших времен и до современности. Костяк составляют археологические, этнографические, естественнонаучные, палеонтологические коллекции мирового уровня, эпистолярное наследие декабристов, фонда Хворостовского, Астафьева и Сурикова.
Музей имеет ряд филиалов: Литературный музей, Мемориальный музей Ленина, пароход «Святой Николай», Дом-музей Красикова и мемориальный дом-музей Астафьева.