Является архитектурным памятником федерального масштаба. Храм стал один из первых каменных строений города.
Априорная церковь так и не дошла до наших дней, ее построили в 1672 году ориентировочно в «сердце» Иркутского кремля, но здание сгорело летом 1716 года.
Современное здание заложили в начале 18 столетия, к 1710 к нему пристроили основную часть сегодняшней церкви, а колокольню и шпиль – позднее. Старая часть храма выполнена в форме четверика.
Спасскую церковь отличает тот факт, что в ней единственной во всей Сибири стены декорированы живописью, нанесенной в 19 столетии. Причем декорированы не только внутренние, но и внешние стены здания. В 70-х годах прошлого столетия внешнюю роспись восстановили, но внутренняя утрачена и реконструкции не поддается.
Восточный фасад церкви включает 3 полифигурные композиции: левая иллюстрирует крещенский обряд местных бурят, центральная – крещение Христа на Иордане, а правая – свидетелей церемониала приобщения к лику святых. Предполагают, что персона, которую коронуют, является первым епископом Иркутска – Иннокентием Кульчицким.
Южная стена храма украшена изображениями святых, которым посвящены он и его приделы. На стене апсиды нарисован лик Спаса, под карнизом старой части церкви нарисован Никола Мирликийский, ниже расположился Митрофан Воронежский.
В постреволюционное время, как и многие культовые сооружения, храм собирались снести наряду с Амурскими и Московскими вратами, Казанским кафедральным собором и другими строениями. Этого не случилось, но в 1931 году церковь все-таки закрыли, разместив внутри мастерскую по пошиву и ремонту обуви, коммуналки и разные организационные структуры.
О разрушении церкви заговорили вновь в 1960 году, но, как и Богоявленский собор, храм спасла москвичка – архитектор Оранская. С ее подачи церковь признали памятником республиканских масштабов. А в 1982 году его открыли в качестве экспозиционного отделения областного краеведческого музея.
Лето 2003 года сильный ветер сдвинул корону купольного креста, ее пришлось демонтировать. В 2006 году храм отметил 3-х вековой юбилей, в честь чего передан был в ведомство Иркутской епархии, что привело к очередным реконструкционным работам. Осенью 2010 года восстановление завершилось.