В ответ на: Нельзя ли прилететь в Чехию, а улететь назад из Германии? Или наоборот?

конечно можно.

В ответ на: И куда лучше получать визу из этих двух стран? Есть ли какая-то разница, м.б. в одну из них отказов меньше?

виза должна получаться той страны, в которой будет больше всего ночевок. если их количество равно, то страны въезда.

В ответ на: Из одной страны в другую, скорее всего, поедем поездом или автобусом, поэтому никаких документов, подтверждающих выезд из страны прилета в визовый центр предоставить не сможем.

их это не интересует. нужны только брони отелей.

В ответ на: Ну очень накладно возвращаться назад в страну прилета. Нельзя ли прилететь в Чехию, а улететь назад из Германии?

где же накладно? автобус от 9-15 евро при ранней покупке. на поезд чуть дороже. ну, 20-30 евро.
скорее, намного дороже обойдется прилет в одну страну и вылет из другой.

мы, например, делали так: прилет в Мюнхен, оттуда в Прагу, потом в Дрезден и Берлин, оттуда вылет. Переезды были автобусами и обошлись в 33 евро на человека. Мюнхен-Прага - 9 евро, Прага-Дрезден - 15 евро, Дрезден-Берлин - 9 евро.
Билеты Новосибирск - Мюнхен и Берлин - Новосибирск были по тарифу open jaw и стоили как простой билет туда-обратно. Очень удобно и недорого. Прилет и вылет в пределах одной страны и при маршруте AB + CA, должно быть AB > BC и CA > BC. Вычитал в правилах тарифа (такая портянка на английском, которую обычно никто не читает)