так а на самом деле все просто, базы то только три:
- Алтын-Туу
- Карагай
- Кырсай
Первые две находятся за устьем Чулышмана, Кырсай же перед ним.
Соответственно проще всего обратиться в любую турфирму, занимающуюся поездками на Горный Алтай и там заказать тур.
По ценам должно быть примерно одинаково через любую фирму.
Экскурсии можно приобрести на месте.
Места там недешевые, ибо выбор кафе/ресторанов/..., мягко говоря, ограничен

Добраться можно тремя способами:
- турфирма: автобус+теплоход
- через Север: машина до Артыбаша+теплоход/катер
- через Акташ: машина до Кырсая+катер до Карагая/Алтын-Туу - на машине ехать около 1150км (не помню точно), причем около 300км весьма непросты, хотя и проходят по красивым местам.
Плюс самохода через Акташ - можно посмотреть озера на Улаганском плато, Красные Ворота, Кату-Ярык, при желании и наличии плав.средств - Каменные Грибы и т.д.
Минус - "пузотерку" легко угробить по дороге после Акташа: броды, камни, Кату-Ярык...