Ну я из Питера не ездил, а из Мск мама в Калининград ездила. Вроде даже и не закрывают поезд, просто дальше платформы никуда не выйдешь.
Только надо ж еще некое разрешение на транзитный проезд оформлять (если Шенгена нет).

Насчет "по морю" не в курсе. Да и навряд ли это будет дешевле поезда.