В ответ на: имеются ввиду стыковочные рейсы данной а/к либо совместной с а/к-партнерами по единому билету

Да это по-любому, я это и имел в виду. "Чужие" стыковки их интересовать не будут. Тем более, они их проверить никак не смогут - распечатку можно какую-то угодно сделать.

В ответ на: если я зарегился первым, а затем пришел товарищ, у которого транзит - меня высадят что ли ?

Не, они же свои стыковки видят сразу - приходишь региться на первый рейс, они забивают ФИ в систему и говорят - так вы до Х (конечный пункт) летите?
Соответственно, видимо, подразумевается, что при овербукинге они этих "защищенных" пассажиров сразу выявляют и точно впихивают в самолет, даже если беременная женщина/стыковочный пассажир пришли последними.