В ответ на: в обоих самолётах места будут одинаковые?

В каком смысле одинаковые?
В первом 12А и 12В, и во втором - 12А и 12В?
Нет, конечно. Какие свободные будут, на такие и посадят.

Но если Вам принципиально, чтоб одинаковые, можно попросить подобрать.

В ответ на: Но чёт боюсь я...

Только имейте в виду, что при рейсах с пересадкой, в 99% случаев регистрируют сразу на оба рейса, не спрашивая ничего.
Поэтому, если Вы хотите зарегистрироваться только на первый рейс, получить там багаж и пойти регистрироваться на второй - предупредите сразу об этом на стойке регистрации первого рейса.