багаж вам зарегистрируют докуда скажете. то есть, можно до Мск, если он вам там нужен, или сразу до Стамбула.
пассажиров так же могут зарегистрировать сразу до Стамбула. если сомневаетесь, просто спросите у сотрудника, которому будете багаж сдавать в толмачево.
прилетите в шереметьево, выйдете из самолета как обычно, потом пойдете на посадку на международные рейсы через погранконтроль.