В ответ на: Единственно, что мне все-таки не понятно и с чем я сталкиваюсь уже 2 раз: когда лечу из Новосибирска, мне багаж оформляют транзитом. А вот, когда возвращаюсь, багаж всегда приходится получать в месте пересадки (

это работа российских аэропортовых таможен. то есть, в вашем случае, вы прилетаете международным рейсом в Мск, а потом летите внутренним в Нск. тут багаж проходит мимо таможни, так как прилет и выгрузка багажа в терминале внутренних авиалиний, поэтому проверять его должны в Мск. вместе с хозяином.
но при влете через некоторые аэропорты на некоторых направлениях некоторых авиакомпаний уже можно тоже транзитом оформлять. то есть проверят без вашего присутствия