видимо вы не в продажах работаете

Не важно, получили вы скидку или не получили, объем работы для агентства остается одинаковым. Только вот если вы купили тур без скидки, соответственно агентство получило с вас больше прибыли, оно замотивировано больше, чтоб в подобных вашей ситуации прилагать максимум усилий в решении возникающих проблем. Да, есть договор, но и партнерские отношения не последнюю роль играют.

И агенту, гораздо интересней с вами работать, если он за свою работу получит 1000 руб., а не 100 руб. К примеру.

Вот лично Вам интересней работать (при условии совершенно одинакового объема работ) там, где платят 10 000 руб. в месяц или 100000 руб.?