Ну на выезде (и обратном въезде в РФ) точно сканируют. На въезде в ин. страну не фиксировал на этом внимания. Должны, наверное, уж в Шенгене точно.

Суть в том, что никаких проблем с пересечением границы по новому загранпаспорту у меня не было.