А как вы билет покупали?
Я в подобной ситуации, купив билет Нск-Прага-Нск по интернету, сдала его в Праге без проблем.
Вроде сейчас Аэрофлот только электронные билеты продает, даже в кассах билет не выписывают, а дают распечатку.