Ну хорошо. Не было бы сквозной регистрации.
Промежуток между рейсами был бы 1 час 20 минут. Самолет опоздал на час. Но за 20 минут Вы регистрацию на 20 рейс не успели пройти. И Вас не посадили на самолет.
В чем разница? Вам так было бы лечге?

Ваши проблемы - из-за того, что опоздал первый рейс. А никак не из-за того, что Вас сразу зарегистрировали на второй.

Любая стыковка сопряжена с риском опоздания первого рейса. И покупая билеты с разницой в 40 минут, Вы сами сознательно идете на риск, т.к. опоздание может быть у любой а/к - метеоусловия, авария в аэропорту посадки и т.д.
При этом, не собираюсь оправдывать а/к - они опоздали, их косяк.