Бронировать на сайте Аэрофлота можно. Другой вопрос, что корявый он.
А ждать теперь уже бессмысленно. На каждый рейс ограниченное число билетов по дешевым тарифам. В Вашем случае их просто выкупили все и всё. Не надо было несколько дней подряд заходить, надо было брать.
Надеяться на то, что кто-то откажется от купленного/забронированного билета по дешевому тарифу... Вероятность, что даже если такое случится, выловить этот билет удастся именно Вам очень маленькая.
Покупайте быстрее билеты на второй вариант стыковки (тем более, цены говорите одинаковые). А то и их раскупят.