Прежде всего - спросите тех, кто уже ездил в эти города. Ну а во-вторых,мне кажется, Вы плохо искали гостиницы. Свои сайты имеют, как правило, только дорогие гостиницы. А гостиницы "туристического" уровня нужно искать среди отзывов знакомых, на форумах,ну и обзванивать гостиницы по 2гису.
Уверяю Вас, в каждом городе есть гостиницы и ночлеги на любой карман.
Конкретно по Томску недорогих вариантов вообще выше крыши, поскольку это в немалой степени город студентов.Я могу порекомендовать некоторые из тех, что я выбирал для себя, когда ездили туда с НГСовцами. Информацию собирал по знакомым-новосибирцам, и в инете. Обращайтесь.
Руслан