В порядке предпочения:
1. поезд ("Енисей" или "Сибиряк") - знаю, что вопрос о полетах стоит, но жаба уж очень сильно давит платить черт знает сколько за внутренний перелет, да ещё и по багажу жуткие ограничения.
2. Трансаэро
3. Аэрофлот
4. Сибирь, если ничего другое не подходит в конкретном случае или у "Сибири" распродажа