Если вам удастся заполучить билеты на паром Сингапур - Батам находясь в КЛ, то этого должно хватить для получения визы. Общее правило для получения визы в посольстве Сингапура в КЛ: должны быть билеты из Сингапура в третью страну. Либо назад в Малайзию и тут же в третью страну.
У нас прошел вариант с билетами на автобус КЛ-СГ-КЛ + эйразия КЛ - Джакарта.