http://www.berlinlinienbus.de - автобус.
На первой странице выбираете английский и берлин, потом Find Journey, на следующей Мюнхен - дальше сами поймете.
Стоимость в один конец от 50 евро, время в пути - около 8-10 часов.
www.db.de - паровоз.
Паровозом - если ехать IC, ICE (экспрессом) будет 113 евро и 5-6 часов. Если ехать без IC, ICE (только местными поездами), сэкономите порядка 30-40 евро, но замаятесь с пересадками и ехать будете часов 10-15.
Хотя это довольно познавательный вариант - сможете посмотреть на немецкие вокзалы.