Конечно стоит. И город очень приятный, и вообще Голландия. Я там был 5 раз, из них первый раз - на один день приезжал на экскурсию из Германии, второй раз - жил в Museum Hotel (очень приличный отель, находится в приличном месте - на Museumplein, входит в сеть Best Western), остальные три раза жил не в Амстердаме, но ездил туда практически каждый вечер. Кто туда возит из Новосибирска, не знаю, услугами местных фирм не пользовался.
С выбором отеля осторожно нужно - есть малоприятные районы с малоприятными гостиницами.