По-моему, проеще съездить в 2 этапа:
1. Н-ск - Красноярск - Хакасия - Н-ск
2. Н-ск - Алтай - Н-ск, ибо прямой дороги (по крайней мере для цефиры) с хакасии на Алтай нет!

По Красноярску - Хакасии не скажу, сам в 1раз туда собираюсь через неделю, а вот по Алтаю можно проехаться на авто в 4 направлениях, в порядке приоритетности (по моим впечатлениям):
1. Майма - Усть-Сема - Семинский перевал - Ташанта (можно с заездом в торону Улагана) (везде дорога отличная)
2. Майма - Усть-Сема - Усть-Кокса (есть участок гравийки, но терпимо)
3. Майма - Чемал - Куюс (от чемала до Куюса гравийка)
4. Горно-Алтайск - Артыбаш.

Настоящий Алтай только в 1 и 2 направлениях, после Усть-Семы и в конце 3 и 4 маршрута!

По-поводу ночёвок будет тяжеловато, ибо в июле - сезон , поэтому все базы заняты, поэтому найти без предварительной договорённости жильё будет сложно, поэтому лучше ехать в будни! И прихватить на всякий случай таки палатку!
По поводу опасности, скажу за Алтай, нет там опасности, но с местными в контак лучше не вступать, особенно в глубинке!

Вообще мы с женой на одном авто весь Алтай (асфальтированный) объездили и ничего!

Да совет по Алтаю: На Аю - не ездейте!