Летала Аэрофлотом в Варшаву и Прагу. Оба раза багаж не выдавали между рейсами - и Нск - Мск - Прага (Варшава) и в обратном направлении. Кстати, года три назад на подобном рейсе из Праги (на обратном пути) багаж пришлось забирать....
Так что "как правило" багаж едет до конечного пункта, но вариации все-таки бывают.