Если билет единый, то могут и выдать посадочные талоны прямо до Стамбула, тогда регистрироваться в Мск не надо, сразу идти на паспортный контроль. С багажом мне кажется морочить себе голову не стоит. Если судьба багажу потеряться, потеряют и на сегменте SVO-IST.Всегда стараюсь отправить багаж сразу до места, ни разу не теряли, даже с двумя заграничными пересадками(OVB-PEK-HKG-BKK). А вот у моих знакомых потеряли в Аэрофлоте на перелете из Москвы в Европу. Но тоже ничего страшного не произошло: доставили через пару дней, на обратный путь в качестве компенсации предоставили бизнес-класс.