а должны быть причины?
Вообще комиссия - это грубо говоря зарплата агентства, которая дается ему туроператором за реализацию его туров. Если агентство дает скидки из своей комиссии, следовательно уменьшается свою "зарплату", то можно сделать вывод, что "зарплата" ему не нужна.
Скидка (сам ее факт) с учетом того, что ТА не магазины, они не могут самостоятельно устанавливать цены на турпродукты, закладывая туда все свои расходы. Соответственно им приходится вести бизнес только за счет строго определенного процента от стоимости продаваемого тура. Любая скидка - это первый шаг к банкротству. Банкротство ТА, пусть не напрямую, но бросает тень на ТО. А оно ему надо?