В ответ на: у а если все пассажиры пришли вовремя на рейс регистрироваться, как авиакомпания им отказывает в регистрации?

Предлагает пересесть на следующий рейс, как правило. Либо вернуть стоимость билета.

В ответ на: или они уже он-лайн зарегистрировались и распечатали посадочный, то перед ними просто ворота на посадке закроют

Нет, просто тех, кто стоит последний в очереди на регистрацию в аэропорту, не будут регистрировать.

Всегда найдется кто-то, кто всем своим видом против вашего счастья (c).